Victory-Hugo
@Victory-Hugo
Public Skills
notion-research-documentation
by Victory-Hugo
Research across Notion and synthesize into structured documentation; use when gathering info from multiple Notion sources to produce briefs, comparisons, or reports with citations.
notion-spec-to-implementation
by Victory-Hugo
Turn Notion specs into implementation plans, tasks, and progress tracking; use when implementing PRDs/feature specs and creating Notion plans + tasks from them.
notion-knowledge-capture
by Victory-Hugo
Capture conversations and decisions into structured Notion pages; use when turning chats/notes into wiki entries, how-tos, decisions, or FAQs with proper linking.
notion-meeting-intelligence
by Victory-Hugo
Prepare meeting materials with Notion context and Codex research; use when gathering context, drafting agendas/pre-reads, and tailoring materials to attendees.
gget
by Victory-Hugo
"快速CLI/Python查询20+生物信息学数据库。用于快速查找：基因信息、BLAST搜索、AlphaFold结构、富集分析。最适合交互式探索、简单查询。批处理或高级BLAST请使用biopython；多数据库Python工作流请使用bioservices。"
by Victory-Hugo
用于提取文本与表格、创建新 PDF、合并/拆分文档以及处理表单的综合 PDF 操作工具包。当需要填写 PDF 表单，或以编程方式批量处理、生成或分析 PDF 文档时使用。
clinvar-database
by Victory-Hugo
查询NCBI ClinVar变异临床意义数据库。按基因/位置搜索，解释致病性分类，通过E-utilities API或FTP访问，注释VCF文件，用于基因组医学。
geo-database
by Victory-Hugo
访问NCBI GEO基因表达/基因组数据库。搜索/下载微阵列和RNA测序数据集(GSE、GSM、GPL)，获取SOFT/Matrix文件，用于转录组学和表达分析。
ensembl-database
by Victory-Hugo
查询Ensembl基因组数据库REST API，覆盖250多个物种。基因查找、序列检索、变异分析、比较基因组学、同源基因、VEP预测，用于基因组研究。
scikit-bio
by Victory-Hugo
生物数据工具包。序列分析、比对、系统发育树、多样性度量(alpha/beta, UniFrac)、排序(PCoA)、PERMANOVA、FASTA/Newick I/O，用于微生物组分析。
gwas-database
by Victory-Hugo
查询NHGRI-EBI GWAS目录中的SNP-性状关联。通过rs ID、疾病/性状、基因搜索变异，获取p值和汇总统计信息，用于遗传流行病学和多基因风险评分。
gene-database
by Victory-Hugo
通过E-utilities/Datasets API查询NCBI基因数据库。按基因符号/ID搜索，获取基因信息(RefSeqs、GO、位置、表型)，批量查找，用于基因注释和功能分析。
pubmed-database
by Victory-Hugo
直接访问PubMed REST API。高级布尔/MeSH查询、E-utilities API、批量处理、引文管理。对于Python工作流，建议使用biopython (Bio.Entrez)。此技能适用于直接HTTP/REST操作或自定义API实现。
biopython
by Victory-Hugo
综合分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析(FASTA/GenBank/PDB)、系统发育学和程序化NCBI/PubMed访问(Bio.Entrez)。最适合批处理、定制生物信息学管道、BLAST自动化。快速查找请使用gget；多服务集成请使用bioservices。
scanpy
by Victory-Hugo
标准单细胞RNA-seq分析管道。用于质控、标准化、降维(PCA/UMAP/t-SNE)、聚类、差异表达和可视化。最适合具有成熟工作流的探索性scRNA-seq分析。深度学习模型请使用scvi-tools；数据格式问题请使用anndata。
scvi-tools
by Victory-Hugo
单细胞组学深度生成模型。当需要概率批次校正(scVI)、迁移学习、带不确定性的差异表达或多模态集成(TOTALVI, MultiVI)时使用。最适合高级建模、批次效应、多模态数据。标准分析管道请使用scanpy。
anndata
by Victory-Hugo
单细胞分析中带注释矩阵的数据结构。用于处理.h5ad文件或与scverse生态系统集成。这是数据格式技能——用于分析工作流请使用scanpy；用于概率模型请使用scvi-tools；用于群体规模查询请使用cellxgene-census。
pysam
by Victory-Hugo
基因组文件工具包。读写SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件、FASTA/FASTQ序列，提取区域，计算覆盖度，用于NGS数据处理管道。
uniprot-database
by Victory-Hugo
直接访问UniProt REST API。蛋白质搜索、FASTA序列获取、ID映射、Swiss-Prot/TrEMBL数据库。对于涉及多个数据库的Python工作流，建议使用bioservices（统一接口覆盖40多个服务）。此技能适用于直接HTTP/REST操作或UniProt特定控制。
pydeseq2
by Victory-Hugo
差异基因表达分析(Python DESeq2)。从bulk RNA-seq计数中识别差异表达基因，Wald检验，FDR校正，火山图/MA图，用于RNA-seq分析。
scientific-slides
by Victory-Hugo
"使用 Nano Banana Pro AI 构建科研报告和演示幻灯片。可生成高质量、视觉效果出色的 PDF 演示文稿，包含 AI 生成的幻灯片内容。适用于会议报告、学术研讨会报告、论文答辩幻灯片或各类科学演讲。提供幻灯片结构设计、版式与设计指导、时间安排建议以及视觉效果校验。"
research-grants
by Victory-Hugo
"撰写具有竞争力的科研项目申请书，适用于 NSF、NIH、DOE 和 DARPA。支持各机构特定格式、评审标准、预算编制、广泛影响（broader impacts）、研究意义陈述、创新性论述，以及符合提交规范的合规性要求。"
clinical-reports
by Victory-Hugo
"用于撰写全面的临床报告，包括病例报告（遵循 CARE 指南）、诊断报告（影像学/病理学/实验室）、临床试验报告（ICH-E3、SAE、CSR）以及患者文书（SOAP 记录、病史与体格检查 H&P、出院小结）。提供完整模板支持、监管合规（HIPAA、FDA、ICH-GCP）以及验证工具。"
paper-2-web
by Victory-Hugo
当需要将学术论文转换为宣传和展示类格式时，应使用此技能，包括交互式网站（Paper2Web）、演示视频（Paper2Video）以及会议海报（Paper2Poster）。适用于论文传播、会议准备、创建可探索的学术主页、生成视频摘要，或基于 LaTeX 或 PDF 源文件制作可直接打印的海报。