全自動論文撰寫 + 閉環自我改進

閉環架構

Instructions (AGENTS.md) → Skill (auto-paper) → Writing (drafts/) → Hooks (audit) → 回頭更新 Skill/Instructions

核心理念（CONSTITUTION §22）：可審計、可拆解、可重組。詳見 AGENTS.md。

四個審計維度：

維度	檢查	更新對象
Paper	引用、字數、Anti-AI	patch_draft 修正論文
Methodology	方法學可再現性	補充方法學細節
Compliance	Agent 是否遵循流程	.memory/ 記錄偏差
Meta	Skill/Hook/Instruction	更新 SKILL/Hook/AGENTS

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執行審計軌跡（Audit Trail）

每次執行在 projects/{slug}/.audit/ 產出：

檔案	內容
pipeline-run-{ts}.md	Phase 摘要 + Hook 統計 + Decision Log
search-strategy.md	搜尋策略和結果
reference-selection.md	文獻篩選決策
concept-validation.md	Novelty 驗證過程
hook-effectiveness.md	Hook 觸發率/通過率/誤報率
quality-scorecard.md	方法學 + 文字品質（0-10 分）
checkpoint.json	斷點恢復：last_completed_phase, phase_outputs

恢復邏輯：偵測 checkpoint.json → 詢問從 Phase N+1 繼續或重來。

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雙重 Hook 系統

Copilot Hooks（A-D，寫作時即時修正）定義於本檔。
Pre-Commit Hooks（P1-P8 + G1-G7）定義於 git-precommit/SKILL.md。
兩者互補：Copilot 處理細節，Pre-Commit 處理全局。

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9-Phase Pipeline

Phase 1: PROJECT SETUP

Skill: project-management

1. get_current_project() → 有專案就切換，沒有就建立
2. create_project(name, paper_type) 或 switch_project(slug)
3. setup_project_interactive()

Gate: 專案存在 + paper_type 已設定

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Phase 2: LITERATURE SEARCH

Skill: literature-review, parallel-search
外部 MCP: pubmed-search, zotero-keeper（optional）

1. generate_search_queries(topic, strategy="comprehensive")
2. 並行 search_literature() × 3-5 組
3. merge_search_results()
4. get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio")
5. 選前 15-20 篇 → save_reference_mcp(pmid, agent_notes)
6. [Optional] Zotero: search_items(query) → 取 PMID → save_reference_mcp()

Gate: ≥10 篇文獻已儲存

自動決策：<20 → expand_search_queries；>500 → 加 MeSH 限縮；用戶有 Zotero → 主動問匯入。

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Phase 3: CONCEPT DEVELOPMENT

Skill: concept-development
外部 MCP: cgu（when novelty needs boost）

1. 分析 saved references → 識別 Gap
2. 撰寫 concept.md（含 🔒 NOVELTY + 🔒 SELLING POINTS）
3. write_draft(filename="concept.md", content=..., skip_validation=True)
4. validate_concept(project=...)
5. IF score < 75:
   • 自動修正 1 次 → 再驗證
   • 仍 < 75 → CGU: deep_think / spark_collision / generate_ideas → 修正 → 再驗證
   • 仍 < 75 → STOP，回報用戶（附 CGU 建議）

Gate: concept score ≥ 75 OR 用戶明確說「繼續」

CGU 工具對應：

問題	CGU 工具	產出
找弱點	deep_think	Reviewer 攻擊角度
找論點	spark_collision	碰撞新穎角度
廣泛發想	generate_ideas	3-5 個 novelty 候選
多觀點	multi_agent_brainstorm	多角色辯論

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Phase 4: MANUSCRIPT PLANNING（唯一人工確認點）

1. 讀取 concept.md + saved references + paper_type
2. 產出段落級大綱（每段：topic, words, refs, claims）
3. Asset Planning（表格/圖/流程圖清單，含 tool + data_source）
4. 🗣️ 呈現大綱 + Asset Plan 給用戶確認
5. 用戶調整 → 確認 → 儲存到 .memory/

Gate: 大綱 + Asset Plan 已確認

寫作順序（依 paper type）：

Paper Type	建議順序
original-research	Methods → Results → Introduction → Discussion → Abstract
systematic-review	Methods → Results → Discussion → Introduction → Abstract
case-report	Case Presentation → Discussion → Introduction → Abstract

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Phase 5: SECTION WRITING（核心 + Audit Loop）

Skill: draft-writing
外部 MCP: drawio（diagrams）, cgu（Discussion）

FOR section IN writing_order:
  1. 讀取 outline[section] + 已完成 sections + get_available_citations()
  2. IF Methods + asset_plan 有 diagram:
     → drawio.create_diagram → save_diagram(project, content)
  3. draft_section() 或 write_draft()
  4. IF Results + asset_plan:
     → generate_table_one / create_plot / run_statistical_test → 整合
  5. IF Discussion + 論點弱:
     → cgu.deep_think → 強化邏輯鏈
  6. 🔔 HOOK A: post-write → IF issues → patch_draft（最多 2 rounds）
  7. 🔔 HOOK B: post-section
  8. Log 到 .memory/progress.md

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Phase 6: CROSS-SECTION AUDIT

1. 🔔 HOOK C: post-manuscript
2. IF critical issues → patch_draft 定點修正（最多 2 rounds）

Gate: 0 critical issues（warnings 可接受）

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Phase 7: REFERENCE SYNC

1. sync_references(filename=manuscript) → 生成 References section
2. 確認所有 [[wikilinks]] 已解析
3. format_references(style=journal_style)

Gate: 0 broken links

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Phase 8: EXPORT

Skill: word-export

1. list_templates() → 選擇 template
2. start_document_session() → insert_section() × N
3. verify_document() → save_document()

Gate: Word 已匯出

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Phase 9: RETROSPECTIVE（閉環核心）

🔔 HOOK D: meta-learning（見下方定義）

1. 回顧執行紀錄 + Hook 觸發統計
2. 更新 SKILL.md Lessons Learned
3. 更新 AGENTS.md（如適用）
4. 更新 .memory/ 完整紀錄

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Copilot Hooks 定義（寫作時觸發）

Hook A: post-write（每次寫完立即）

#	檢查項	MCP Tool	失敗行為
A1	字數在 target ±20%	count_words	patch_draft 精簡/擴充
A2	引用密度達標	get_available_citations	suggest_citations + patch_draft
A3	無 Anti-AI 模式	read_draft + Agent 掃描	patch_draft 改寫
A4	Wikilink 格式正確	validate_wikilinks	自動修復

A2 引用密度標準：Introduction ≥1/100w, Methods ≥0, Results ≥0, Discussion ≥1/150w

A3 Anti-AI 禁止詞：In recent years, It is worth noting, Furthermore(段首), plays a crucial role, has garnered significant attention, a comprehensive understanding, This groundbreaking → 替換為具體內容。

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Hook B: post-section（section 完成後）

#	檢查項	MCP Tool	失敗行為
B1	與 concept.md 一致	read_draft("concept.md") + Agent 比對	重寫不一致段落
B2	🔒 NOVELTY 在 Intro 體現	read_draft 檢查	patch_draft 加入
B3	🔒 SELLING POINTS 在 Discussion	逐條比對	patch_draft 補充
B4	與已寫 sections 不矛盾	read_draft 交叉比對	修正矛盾處
B5	方法學可再現性	Agent 依 paper_type 評估	patch_draft 補細節
B6	寫作順序驗證	check_writing_order	⚠️ Advisory（不阻擋）

B5 方法學 Checklist

檢查項	Original	Case	Systematic
研究設計描述	✅	✅	✅
主要/次要結局	✅	⬜	✅
樣本量/power	✅	⬜	⬜
納入/排除標準	✅	⬜	✅
統計方法匹配	✅	⬜	✅
變項定義	✅	✅	⬜
倫理聲明	✅	✅	⬜
收集期間	✅	✅	✅
EQUATOR	CONSORT/STROBE	CARE	PRISMA

任何必選項 < 5 分 → patch_draft → 2 rounds 後仍 < 5 → 人工介入。

B6 前置條件

Target	前置	原因
Results	Methods	Results 依 Methods 定義
Discussion	Results + Intro	討論 Results 回應 Intro
Conclusion	Discussion	總結 Discussion
Abstract	所有主體	摘錄精華

Advisory only（§22 可重組），審計軌跡記錄跳過。

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Hook C: post-manuscript（全稿完成後）

#	檢查項	MCP Tool	失敗行為
C1	稿件一致性	check_formatting("consistency")	patch_draft
C2	投稿清單	check_formatting("submission")	定點修正
C3	N 值跨 section 一致	read_draft × N + 數字比對	patch_draft 統一
C4	縮寫首次定義	read_draft + 全文掃描	patch_draft 補定義
C5	Wikilinks 可解析	scan_draft_citations	save_reference_mcp 補存
C6	總字數合規	count_words	精簡超長 section

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Hook D: meta-learning（Phase 9，閉環核心）

Hook D 不只改進 SKILL — 它改進 Hook 自身（CONSTITUTION §23）。

D1: 效能統計

讀取 .audit/pipeline-run-{latest}.md，統計各 Hook 觸發率/通過率/修正率/誤報率。

效能判斷（§23）：

• 觸發率 > 80% → Hook 太嚴格，建議放寬閾值
• 觸發率 < 5%（超過 5 次執行）→ Hook 太鬆/過時，考慮移除
• 誤報率 > 30% → 判斷標準需修正

D3: Hook 自我改進

自動調整（不需確認）：

• Anti-AI 誤報 → 移出禁止清單
• 引用密度不合理 → 調整 ±20%
• 字數限制微調 → ±10%
• B5 持續 >8 分項目 → 降低檢查頻率

需用戶確認：新增/移除 Hook、修改判斷邏輯（非閾值）

禁止修改：CONSTITUTION 原則、🔒 規則、save_reference_mcp 優先、Hook D 自身邏輯

D4-D5: SKILL + Instruction 改進

• 某 Hook 觸發 >2 次同類問題 → 加入 pre-check
• 某 Phase 始終不需要 → 標記 OPTIONAL
• 觸發語不夠 → 更新 AGENTS.md
• Instruction 與 Skill 不一致 → 同步修正（記錄 decisionLog）

D6: 記錄審計軌跡

更新：.audit/hook-effectiveness.md, .audit/quality-scorecard.md, .memory/progress.md, .memory/activeContext.md, memory-bank/decisionLog.md, 本檔 Lessons Learned

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自動決策邏輯

情境	自動行為	停下條件
搜尋不足	擴展搜尋	3 輪後仍 <10 篇
Concept 65-74	自動修正 1 次	仍 <75
Hook A 字數超標	patch_draft 精簡	2 rounds 後仍超
Hook A 引用不足	suggest + patch	無可用引用
Hook B 🔒 缺失	patch 加入	需改研究方向
Hook B5 <5 分	patch 補細節	2 rounds 後仍 <5
Hook C 數字不一致	修正到最新	不確定哪個正確
Hook D 閾值微調	±20%	超出範圍
Hook D 新增/移除	提出建議	永遠需確認

必須停下：Concept < 60（兩次仍低）、Phase 4 大綱 approve、研究方向改變、3 rounds Hook 仍失敗、修改 AGENTS.md 核心原則。

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Cross-Tool Orchestration Map

核心原則：Pipeline 定義「何時」→ Skill 定義「如何」→ Hook 定義「品質」。

跨 MCP 傳遞規則

來源	目標	傳遞物	規則
pubmed-search	mdpaper	PMID	save_reference_mcp(pmid) 只傳 PMID
zotero-keeper	mdpaper	PMID/DOI	取 PMID → save_reference_mcp()
cgu	concept.md	文字建議	Agent 整合到 write_draft()
drawio	mdpaper	XML	save_diagram(project, content)
data tools	drafts	表格/圖	Agent 整合到 draft 文字

何時跳過外部 MCP

情境	跳過
無 Zotero	zotero-keeper
Concept ≥ 75 首次通過	CGU
無資料集	table_one / plot
純 review（無 Methods flow）	drawio

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Skill 依賴

auto-paper → project-management(P1) → literature-review + parallel-search(P2) → concept-development(P3) → draft-writing(P4,5) → reference-management(P7) → word-export(P8) → submission-preparation(P8)

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閉環檢查清單

• 所有 section 通過 Hook A + B
• 全稿通過 Hook C
• .memory/ 已更新
• Hook D meta-learning 已執行
• SKILL.md Lessons Learned 已更新
• Word 已匯出

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Lessons Learned（Hook D 自動更新區）

尚無記錄。首次全自動執行後將自動填入。